Como uno de los objetivos del MSI es iniciar al estudiante en la investigación en los campos objeto del Máster para la realización del doctorado, como salidas profesionales se plantea la docencia y la investigación, además el MSI proporciona a los profesionales que trabajan en I+D una actualización en los tópicos situados en la frontera del conocimiento en Informática y Automática, por lo que otra salida profesional es completar la formación de los estudiantes para el trabajo en empresas y centros de I+D.